对于光学仪器来说金相显微镜是十分贵重的仪器，因此怎么去保护它就成为了客户们所关注的重点，金相显微镜中常见的疵病，有镜片生霉、生雾、开胶，表面镀膜层损坏或脱落，零件变形等，其中镜片的生雾、生霉等状况也特别的多。
我们一定得保持金相显微镜良好的密封性。

    要是仪器使用或者是保管不当的话，密封性将会受到破坏，这个时候就会有一股气流流入仪器内部，而霉菌或着是附有霉菌孢子的螨虫便很可能随着气流侵入仪器内部。

    同时，如环境污染、尘土、脏污等物质和结雾核心亦会随之侵入仪器。因此，金相显微镜应防止曝嗮、火烤或长时间在严寒的户外使用。另外，擦拭仪器时，不应把密封油灰擦掉，存放时更严禁在物镜转化器或目镜筒上不安装物镜盖或防尘盖子。