扫描电子显微镜问世以来，其应用范围从采矿、冶金、考古等方面开展研究工作以来，迅速扩展到动物、植物、微生物以及农业领域。其范围将越来越广，从基础理论到生产实践，回答的问题也越来越深刻，对指导生产的重要性也将越来越明显，其作用远远超过迄今较高级的光学显徽镜。
　　从当前的农业科学研究来看，主要是应用扫描电子显微镜研究动物、植物、微生物、昆虫等不同组织和微小器官的表面形态及内部结构，从而加深理解它们在生理机能上的作用，探索有机体的生活规律。
　　例如在动物方面，对家畜各种组织的结构和病变的观察，对患贫血病家畜的血球形态变化，以及淋巴等游离细胞变化的观察，将为提高对家畜病害的诊断和防治水平提供依据，)在昆虫方面主要是提高对其微小器官的辨别能力，提高分类的水平，同时更进一步弄清其器官的作用，对研究对象将能更清楚的了解。
　　在植物方面，研究农作物的花粉、果皮、种皮等表面的花纹，以及叶子表皮结构等特征，这在分类学上具有重耍的意义。此外，用X线分析，可以判断植物体内元素的分布和施肥的关系，并能判断对土壤中有毒物质，施用农药，污水灌概，植物体内残留的有害物质等对植物生理机能的影响。
　　在微生物方面，对研究真菌、放线菌、细菌的分类、辨别科属、判断病源等将起较大的作用。尤其对病菌的活动，抱子发芽，侵入寄主等，用扫描电子显微镜观察均能获得进一步的结果。
　　总之，开展以上这些工作，对我国农业科学理论和实践会有较大提高。