扫描电子偏光显微镜在生物学方面也广为应用。近十年来国际国内都召开扫描电镜的学术会议，这方面的报告和论文也越来越多，下面略举一些有关生物学方面的例子。我国学者时病原生物蚊、蝇体表作了扫描电镜观察和报道，对蚊虫鳞片、蝇类的触角、复眼、足都作了细致分析。国外对昆虫的表面结构也进行了不少工作。以家蚕为例，从产卵后由卵开始一直观察到成虫的每一个发育阶段，有人写了一本专著，附有照片180幅，形态图60幅，可供研究昆虫的学者们参考。在植物学方面，对草本植物的扫描电镜观察也写出了专著，对植物组织表面结构观察的文献报道也不少。

    在动物学方面，如用扫描电镜观察变温动物色素细胞的形态和色素，看到脊椎动物鳉鱼的色素细胞，中心部膨隆呈丘形，树状突起非常细。看到蛤蛛小肠枯膜面，上皮细胞及腺体开口部及其所分泌的粘液状态以及与细胞界一致的微绒毛密集排成不整的块状。猴子肾脏肾小球在去掉球囊后，毛细血管卷曲呈球形，继续提高放大倍数时，可看到它的毛细血管外壁足细胞的复杂齿状细胞突起。脾脏内静脉窦、窦的内腔及窦壁上的孔隙虽然在以往的组织学上也描述过，但这些结构的立体图像在扫描电镜下十分清晰。这一工作也是在常用的实验动物家兔的脾脏进行的。它的气管上皮在扫描电镜下纤毛呈细杆状。而大鼠淋巴结的淋巴窦确似洞状，内有细胞突起呈丝状悬垂，其中淋巴细胞呈立体球形，填满其中。在眼组织方面，用扫描电镜研究了猫眼的组织和视网膜的立体结构。腆腺外分泌部的腺胞细胞，在光学显微镜下看不妈核表面上有许多核孔，而在扫描电镜下看得十分清楚。

    在方法学上，用大鼠肝分离的肝细胞，其线粒体，如经0. 25M蔗糖液分离后，一般来说在扫描电镜下呈球形，用0.32M蔗糖液分离后，不单纯呈球形，其表面有一个很深的孔，类似梨状，一部分呈杆状。在0.44M蔗糖液分离后则线粒体呈U字形，看来线粒体的形态与分离时所用溶液的浓度有关。在研究生殖生理方面，对哺乳动物精子的形态学研究发生了兴趣，曾用牛、猪、兔、小鼠、豚鼠、猴和鲸鱼的精子在扫描电镜下分别加以观察，看到了每种动物精子的立体像。

    尤其鲸目在哺乳类中是非常特殊的一群，其精子也是极特殊的，其头在偶蹄类前半部是膨大的，而在鲸鱼类的精子则成了它的后半部，颈部也变细而且长，尾部粗而短，与其它哺乳类的精子形态呈鲜明的对比。在卵子方面.对家兔卵子进行体外受精处理，卵从排卵后数小时，有数层的粒膜细胞包田，在细胞表面用扫描电镜看到了无数精子，有的附着，有的已侵入卵的内部。在大鼠受梢后约2一4小时的卵子，用酶处理后，粒膜细胞及透明层被除掉.露出细胞质，还可以看到第一极体，细胞表面有微绒毛。大鼠卵子在细胞期，透明层同样用酶处理后，可见细胞表面之微绒毛。扫描电镜也进入研究癌症领域，对Ehrlich腹水癌细胞进行了观察，看到癌细胞表面的微绒毛，对人的子宫颈癌，从异型上皮细胞至上皮内癌的移行过程中，人们用光学显微镜和扫描电镜作了一系列对比观察，看到了正常扁平细胞上皮、圆柱上皮、异型上皮、上皮内癌与扩散筋的表面立体像，并说明每种像是有差异的。

    近年来，我国学者对人的胃癌也进行了扫描电镜观察，指出它的发生、发展以及它与其它胃粘膜的畸变和病变的关系。有的论文也提到对人的头发以及动物毛的若干有趣研究。由于扫描电镜焦点深，它对各种问题的处理也是一个有用的工具。譬如毛料制品或毛料衣类突然出现一些小洞洞，是由于机械损伤还是化学药品使用不当，抑是虫咬的小洞。三者在扫描电镜下所造成的痕迹各有不同。在纺织工业上，也可以帮助鉴定其破损的原因。对毛皮兽毛的质量鉴定也更有用。扫描电子偏光显微镜用于生物学的研究方面日益广泛，’发展十分迅速。