电子偏光显微镜中造价最高的部分不是电子光学系统.而是它的复杂的机械结构。它的极靴的表面公差和光洁度直接影响透镜像差，影响分辨率极限。它由多个透镜登加组成，每个部分的精度和光洁度会影响透镜的对准，同样影响透镜质量，前面提到的每个透镜.图中给出的都是它们的简图。最简单的、放大倍数不高的电子偏光显微镜也要有两百多个真空密封垫圈，任何部分的平整度、光沽度都会影响真空度的获得，影响电子偏光显微镜的正常使用。

    它的样品是放在真空系统内的，每次更换样品都要影响宾空度，所以整个系统是由动态平衡来保持真空度的。正因为这样，它的阴极—灯丝的寿命有限，而每次更换灯丝，都要重新调整它的电子光学同轴向题，这又使结构更加复杂。

    图8.6中(a)是透镜的平移调节装置，如果定义磁透镜的轴心(称为中心光轴)为Z轴，通过调节在XY平面中相互垂直的这样两个平移螺丝可以使相应透镜在整内相互垂直的两对倾斜螺丝，可以使上部透镜在180°立体角内倾斜，这样通过调节这些螺丝，可以把整个电子偏光显微镜的各级透镜调节至与中心光轴重合，在整个调节过程中。不论平移还是倾斜都不能有漏气点。可见其几何装配要求之高。